국세청의 연간 세무조사 건수는 몇 년째 약 1.4만 건에서 거의 움직이지 않았습니다. 그런데 누구를 조사하느냐는 분명히 바뀌고 있습니다. 개인보다 법인, 그중에서도 탈루 혐의가 있는 법인으로 조사력이 모이고 있습니다. 2026년에는 정기조사 시기선택제와 중점검증항목 공개라는 제도 변화도 있었습니다. 숫자와 올해의 기획조사 사례로, 지금 법인 세무조사가 무엇을 보는지 정리했습니다.
| 연도 | 법인 비정기 | 법인 정기 | 법인 합계 |
|---|---|---|---|
| 2020 | 1,351 | 2,633 | 3,984 |
| 2022 | 1,434 | 2,529 | 3,963 |
| 2023 | 1,483 | 2,949 | 4,432 |
| 2024 | 1,748 | 3,113 | 4,861 |
출처: 국세청 국회 제출 자료(한국세정신문 2025.10.28 보도). 법인 합계는 정기와 비정기를 더한 값입니다.
법인 비정기 조사가 4년 새 약 29% 늘었습니다. 비정기 조사는 '순서가 돼서' 받는 조사가 아니라 혐의가 있어서 받는 조사입니다. 같은 기간 개인 비정기 조사는 오히려 줄었습니다.
법인 세무조사
법인 부과세액
건당 평균 부과세액
출처: 일간NTN 보도 기준. 건당 평균은 부과세액을 건수로 나누어 계산했습니다.
이중장부·차명계좌·거짓 증빙처럼 부정행위가 의심되면 조세범칙조사로 전환되어 압수·수색과 고발까지 이어질 수 있고, 부당과소신고가산세 40%와 10년의 장기 부과제척기간이 적용될 수 있습니다. 반면 신고내용 확인이나 해명자료 제출 요구는 세무조사가 아니지만, 소명이 부실하면 조사로 이어지므로 가볍게 넘기면 안 됩니다.
| 정기조사 선정 트랙(2025년 법인) | 비중 | 내용 |
|---|---|---|
| 전산 성실도 분석 | 48.1% | 신고 내용과 과세 자료로 점수를 매겨 하위 업체를 선정. AI 활용이 늘고 있습니다. |
| 순환 조사 | 22.9% | 수입금액 2,000억 원 초과 법인, 5년 주기 |
| 장기 미조사 | 29.0% | 오랫동안 조사받지 않은 법인. 성실하게 신고해도 대상이 될 수 있습니다. |
출처: 비즈니스워치 2025.10.22 보도
전산 선정이 늘수록 신고서의 숫자 자체가 곧 점수가 됩니다. 비정기 조사는 금융정보분석원(FIU) 고액현금거래·세금계산서 불부합·제보 같은 혐의 자료, 그해 기획조사 테마와 같은 패턴, SNS 과시나 급격한 자산 증가 같은 외부 노출, 거래처·관계회사 조사에서의 파생으로 시작됩니다.
| No | 국세청 중점검증항목(2026.4 공개) |
|---|---|
| 1 | 법인(사업용) 신용카드 사적 사용 |
| 2 | 대표자 등 개인계좌를 통한 매출 신고 누락 |
| 3 | 정당한 사유 없이 매출채권 등 임의 포기 |
| 4 | 근로 사실 없는 가공 인건비 계상 |
| 5 | 연구·인력개발비 부당 세액공제 |
| 6 | 가지급금 등의 인정이자 계산 누락 |
| 7 | 자산화 요건을 충족한 비용의 당기 비용처리 |
| 8 | 사실과 다른 세금계산서 수수 |
| 9 | 부가가치세 과세·면세 구분 오류 |
| 10 | 개인적 공급 등에 대한 부가가치세 신고 누락 |
출처: 한국세정신문 2026.4.2. 유형별 과세사례는 국세청 홈페이지에서 확인할 수 있습니다.
10개 중 붉게 표시한 1·2·4·6번, 네 개가 대표님 개인과 직접 연결되는 항목입니다.
2025년 하반기부터 2026년까지 국세청은 터널링(회사 자산·이익을 사주 가족 회사로 이전), 법인 차량 사적 사용, 법인 명의 고가주택, 물가 불안 조장 업종 등을 테마로 기획조사를 이어 왔습니다. 발표된 사례의 수법은 규모만 다를 뿐, 중소기업에서도 그대로 나타나는 구조입니다.
시장에서 흔히 제안되는 절세 방법들도 세무조사에서는 실행의 실질로 판단됩니다.
- '가지급금 해소와 법인세 절세'를 내세운 기획컨설팅 사례들이 2021년부터 집중 조사됨
- 행정소송으로 이어졌지만 대부분 국가가 승소
- 핵심은 대표가 실제로 발명했는지, 법인이 연구비를 댔는지, 평가액이 객관적인지
- 대법원 2024두42659 — 상법 절차를 지켰고 매각대금이 배우자에게 귀속되어 납세자 승소
- 서울행정법원 2023구합86720 — 증여 직후 단기간에 소각, 대금 일부가 대표의 가지급금 상환에 쓰여 국가 승소
| 주제 | 조사에서 보는 것 |
|---|---|
| 가지급금 정리 | 인정이자 누락, 그리고 '어떻게 갚았는가' — 급여 인상은 과다 보수, 자산 양도는 정상가격, 퇴직금은 규정 적정성 |
| 직무발명보상금 | 2024년 지급분부터 지배주주 등 특수관계자가 받는 보상금은 비과세에서 제외 |
| 연구개발비 세액공제 | 연구전담 인력의 실제 종사 여부, 연구노트·근태 등 실체 증빙 |
| 임원 퇴직금 | 퇴직 직전의 급격한 규정 변경, 특정 임원만을 위한 규정 |
| 가족법인 거래 | 실제 기능 수행 여부, 시가 거래 여부, 무상·저리 대여 여부 |
| No | 점검 질문 |
|---|---|
| 1 | 법인카드로 골프·유흥·상품권·가족 지출이 있다 |
| 2 | 매출 일부가 대표·가족 개인 계좌로 들어온 적이 있다 |
| 3 | 회수하지 못한 매출채권을 정리(포기)한 적이 있다 |
| 4 | 실제 근무하지 않거나 근무가 적은 가족이 급여를 받는다 |
| 5 | 연구·인력개발비 세액공제를 받는데 연구 기록이 부실하다 |
| 6 | 대표 가지급금이 있고, 인정이자를 계산하지 않았거나 잔액이 늘고 있다 |
| 7 | 법인 차량을 가족이 쓰거나 운행기록부가 형식적이다 |
| 8 | 법인 명의 주택·콘도에 대표 가족이 거주·사용한다 |
| 9 | 가족·자녀 소유 회사와 거래하거나 돈을 빌려준 적이 있다 |
| 10 | 최근 3년 내 대표 급여나 임원 퇴직금 규정을 크게 바꿨다 |
| 11 | 다른 사람 명의로 된 주식(차명주식)이 있다 |
| 12 | 최근 대표 개인 재산(부동산·주식)이 크게 늘었다 |
| 13 | 컨설팅을 받아 특허권 양수도·자사주 소각·가족법인 거래를 실행했다 |
| 14 | 최근 5년 이상 세무조사를 받지 않았다 |