지분을 움직이기 전에 확인할 세 가지: 특수관계인·과점주주·간주취득세

가업승계 · 지분구조 인사이트

자기주식을 사들이거나, 자녀에게 주식을 증여하거나, 흩어진 차명주식을 되찾아오는 일. 모두 '지분구조를 움직이는' 설계입니다. 그런데 이런 설계에는 공통으로 통과해야 하는 관문이 있습니다. 특수관계인 → 과점주주 → 간주취득세로 이어지는 하나의 사슬입니다. 특수관계인의 범위를 정해야 지분을 합산할 수 있고, 합산 지분이 50%를 넘으면 과점주주가 되며, 과점주주가 되는 순간 회사가 가진 부동산을 '산 것으로 보는' 취득세가 생깁니다. 돈을 한 푼 더 내지 않았는데도 세금이 나오는 이유가 여기에 있습니다.

01 특수관계인 — 모든 판정의 출발점

특수관계인이란 본인과 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계에 있는 사람을 말합니다(국세기본법 §2 20호). 과점주주 판정, 부당행위계산부인, 명의신탁 증여의제 등 지분과 관련된 거의 모든 쟁점이 "이 사람이 특수관계인인가"라는 질문에서 시작합니다.

① 친족관계
4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 배우자(사실혼 포함) 등
② 경제적 연관관계
임원·사용인, 본인의 돈으로 생계를 유지하는 사람과 그 생계를 함께하는 친족
③ 경영지배관계
본인이 직접 또는 특수관계인을 통해 법인 경영에 지배적 영향력을 행사하는 경우(통상 30% 이상 출자 등)

한쪽에서만 성립하는 특수관계는 없습니다. 본인이 상대방의 특수관계인이면 상대방도 본인의 특수관계인으로 보는 쌍방관계 원칙이 적용되므로, 지분 합산 범위를 정할 때 누락하기 쉬운 지점입니다.

02 세법마다 '친족'의 범위가 다릅니다

2023년 2월 28일부터 국세기본법상 친족 범위가 축소되었습니다. 반면 상속세및증여세법은 이보다 넓게, 이른바 '사돈' 관계까지 포함합니다.

구분개정 전개정 후(2023.2.28.~)
혈족6촌 이내4촌 이내
인척4촌 이내3촌 이내
상증세법 추가 범위-직계비속 배우자의 2촌 이내 혈족과 그 배우자(사돈)
"이 사람이 특수관계인인가?"를 물을 때는 반드시 어떤 세법의 어떤 조문 기준인지부터 확인해야 합니다. 법인세법의 부당행위계산부인은 친족관계보다 지분과 경제적 연관관계를 중심으로 판단하는 등, 같은 사실관계라도 세목에 따라 결론이 달라집니다.
30%와 50%를 혼동하지 마세요. 30%는 '누구를 특수관계인으로 볼 것인가'를 정하는 문턱이고, 50%는 그렇게 확정된 특수관계인 집단의 지분을 합산했을 때 과점주주가 되는지를 보는 문턱입니다. 두 단계를 순서대로 밟아야 정확한 판정이 됩니다.
03 과점주주 — 지분이 50%를 넘으면 생기는 일

과점주주란 주주 1명과 그 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식총수의 50%를 초과하면서 그 권리를 실질적으로 행사하는 사람을 말합니다. 정확히 50%는 해당하지 않으며, 지분율만 넘는다고 자동으로 과점주주가 되는 것도 아닙니다. 경영을 사실상 지배하거나 권리를 실질적으로 행사한다는 요건이 함께 필요합니다.

리스크내용
국세 제2차 납세의무법인이 국세를 체납하고 법인 재산으로 부족하면, 과점주주가 부족액 중 지분비율만큼 대신 납부할 책임을 집니다. (국세기본법 §39)
지방세 제2차 납세의무지방세 체납에도 같은 구조가 적용됩니다. (지방세기본법 §75)
간주취득세주식 취득으로 새로 과점주주가 되거나 지분이 늘면, 법인이 보유한 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과합니다. 실무에서 가장 자주 부딪히는 리스크입니다. (지방세법 §7⑤)
CASE · 명의만 있던 지분
지분 85% 대표이사, 30% 증여를 취소한 뒤 제2차 납세의무 지정
  • 투자 유치를 조건으로 30%를 증여했다가 상대방의 사기를 발견하고 증여 취소소송에서 승소
  • 과세관청은 다시 늘어난 85% 전체를 기준으로 제2차 납세의무를 지정
  • 국민권익위원회는 '납세의무 성립 당시 실제 권리를 행사할 수 없었던 지분까지 책임지울 수 없다'는 대법원 법리를 적용해 55% 기준으로 낮추도록 권고
과점주주 여부는 명부상 명의가 아니라 '그 시점에 실제로 권리를 행사할 수 있었는가'로 판단합니다

자주 혼동하시는 점이 하나 있습니다. "회사가 과태료를 맞으면 결국 제가 내는 것 아닌가요?" 그렇지 않습니다. 제2차 납세의무는 지분권자라는 지위 때문에 지는 책임이고, 법인 과태료·양벌규정상 처벌은 대표이사가 실제 위반 행위자일 때 지는 책임입니다. 근거도 면책 요건도 다르므로 따로 점검해야 합니다. 다만 중소기업 오너는 대표이사이자 과점주주를 겸하는 경우가 많아, 현실에서는 두 책임이 함께 나타나곤 합니다.

04 간주취득세 — 주식을 샀는데 왜 취득세를 내는가

과점주주가 되면 법인의 자산을 사실상 지배할 수 있게 되므로, 부동산을 직접 산 것과 경제적 실질이 같다고 보는 것입니다. 법인을 거쳐 부동산 취득세를 우회하는 것을 막기 위한 장치입니다.

상황처리
법인 설립 시 최초로 과점주주과세 제외
설립 이후 처음으로 과점주주가 됨그날 현재 보유 지분 전부를 기준으로 과세
기존 과점주주의 지분 추가 취득증가분만 과세
지분이 줄었다가 다시 늘어남과거 과세된 최고비율을 넘는 부분만 과세
상속·증여로 지분 증가과세 대상 — 무상 취득이어도 부과됩니다
1
과세대상 자산
부동산·차량·기계장비·골프회원권 등. 현금·예금 같은 금융자산은 제외되므로 자산 구성에 따라 부담이 크게 달라집니다.
2
과세표준
과세대상 자산의 장부가액 × 과점주주 지분율(또는 증가분)
3
세율과 신고
취득세 2%와 농어촌특별세를 합해 통상 2.2% 수준이며, 과점주주가 된 날부터 60일 이내에 신고·납부해야 합니다.
계산 예시

대표이사 집단이 45%를 보유하다가 제3자로부터 15%를 사서 60%가 되었고, 법인의 과세대상 자산 장부가액이 100억 원이라면, 처음 과점주주가 된 경우이므로 늘어난 15%가 아니라 60% 전체가 기준입니다.

100억
과세대상 자산
장부가액
60억
과세표준
(100억 × 60%)
1.32억
산출세액
(60억 × 2.2% 가정)

세율은 설명을 위해 2.2%로 가정했으며, 자산 종류와 지방자치단체 운영에 따라 달라질 수 있습니다.

05 판례 — 과점주주 '집단' 안의 이동은 과세되지 않습니다
대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결은 "과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되더라도 집단 전체의 지분 비율에 변동이 없다면 간주취득세 과세대상이 아니다"라고 판시했습니다. 개별 주주가 아니라 특수관계인을 포함한 집단 전체를 기준으로 본다는 것입니다.

배우자에서 자녀로, 대표이사 개인에서 가족법인으로 지분이 이동하더라도 기존 특수관계인 집단 '안에서'만 움직인다면 새로운 간주취득세가 생기지 않을 수 있다는 뜻입니다. 다만 집단 밖에서 지분이 새로 들어오거나 집단의 총지분 자체가 늘어나면 이 논리는 통하지 않습니다.

06 실무에서 이 사슬이 숨어 있는 곳
자기주식매입 · 유상감자
발행주식총수가 줄면 남은 주주의 지분율이 저절로 오릅니다.
오너 일가 합산 지분이 처음 50%를 넘거나 최고비율을 넘으면, 돈을 더 내지 않아도 간주취득세가 나올 수 있습니다.
가업승계 증여 · 상속
자녀가 새로 과점주주가 되거나 지분이 늘면 무상이어도 과세됩니다.
가업상속공제·증여세 특례만 보고 간주취득세를 놓치면 설계가 반쪽이 됩니다.
명의신탁 환원
차명 지분을 실제소유자에게 되돌리면 지분율이 바뀝니다.
환원 전후로 집단 총지분이 실제로 늘었는지부터 확인하면 판례를 근거로 다툴 여지가 생깁니다.
자사주의 근로복지기금 출연
의결권 없던 자사주가 기금 명의로 의결권을 되찾습니다.
기금 단독 지분이 50%를 넘지 않도록 나누어 출연하고, 사전에 서면 검토를 받는 것이 안전합니다.
지분구조가 흔들리는 시점은 세무조사의 트리거이자 간주취득세의 트리거입니다. 국세청 조사 대상 선정 기준에도 '최대주주·대표자 교체 및 주식변동이 심한 법인'이 포함되어 있습니다.
07 정리하면
POINT 1
특수관계인 → 과점주주 → 간주취득세는 하나의 사슬입니다. 지분을 움직이기 전 순서대로 점검하십시오.
POINT 2
친족 범위는 세법마다 다릅니다. 어떤 세목 기준인지부터 확인해야 합니다.
POINT 3
과점주주는 50% 초과와 실질적 권리 행사가 함께 필요합니다.
POINT 4
간주취득세는 증여·상속에도 붙고, 집단 총지분이 그대로인 내부 이동만 예외입니다.
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본 글은 BSC 가업승계/거버넌스본부의 실무 자료와 법령·판례·공개 결정례를 바탕으로 재구성했습니다. 계산 예시는 이해를 돕기 위한 가정이며, 실제 세율·과세표준은 자산 종류와 관할 지방자치단체에 따라 달라질 수 있습니다. 본 글은 일반 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안에 대한 정확한 판단은 세무사·변호사 등 자격을 갖춘 전문가의 확인이 필요합니다.
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